El inicio de la segunda temporada enlaza con la transición de la primera. La misión «viaje en la balsa» muestra las consecuencias del previo encuentro de los náufragos con los Otros, y también sirve para presentar a los Tailies, que son elementos centrales de la segunda temporada. Además, el rapto de Walt de la balsa ya pone la etapa para la transición a la temporada 3 con la tentativa de Michael de rescatar a Walt en la misión «Persiguiendo a Michael» así como los actos de Michael de traición y asesinato en la misión «Rescatar a Walt».
También en «abrir la escotilla» concluye la transición para comenzar la temporada 2, con esto se presenta no sólo la escotilla, sino también Desmond, Kelvin, y la Iniciativa Dharma. Esto también inicia una escalada de tensión sobre la Estación de Jack y los puntos de vista radicalmente diferentes de Locke de ciencia contra la fe, explícitamente mencionada en el título del primer episodio de la temporada, y proporciona el fondo para otra transición en la Temporada 3 con la crisis de fe de Locke que culmina con la destrucción de la Escotilla. El mismo hilo de historia sigue en la Temporada 3; la Misión A "Rescatando al Sr. Eko" como Locke se dispone a manifestarse en un nuevo papel de líder.
Continuando con el descubrimiento del hombre que se llama "Henry Gale" y los misterios de la Iniciativa Dharma son temas centrales durante la mitad de la temporada "La búsqueda de Claire" y «en busca del globo de Henry». Como Henry es descubierto como uno de Los Otros, «de camino hacia la línea» para un intercambio con Michael, y «capturando a Henry» tiene como resultado el descubrimiento de la estación La Perla. La vuelta de Michael pone la etapa para el final de temporada y la transición en la temporada 3 con «rescatar a Walt», un hilo de argumento (complot) que, en cierta manera, retrocede en el tiempo para seguir toda la línea del rapto de Walt en la misión correspondiente de la primera temporada de «la balsa». «Rescatar a Walt» también abre nuevas posibilidades para las líneas de la trama central de la tercera temporada quitando los personajes que habían sido centrales a las misiones A de las dos primeras temporadas: Jack, Kate, y Sawyer, así como la introducción de Jin, Sun, y Sayid en su búsqueda. Este final de temporada sirve como preludio para presentarnos el hogar donde viven Los Otros.
Trasfondo:Michael pasó la mayor parte de su tiempo construyendo una balsa. La primera fue secretamente destruida por Walt, mientras que la segunda fue exitosamente terminada. La aparición de una Columna de humo, además de los avisos de Danielle, provocó una partida rápida.
Relación con la Historia de Lost: Este viaje marcó la transición de la Primera Temporada con lo que seguiría, introduciendo temas que predominarían en la Segunda. Los Otros finalmente se mostraron, y las consecuencias desencadenarían futuras líneas argumentales que tendrían lugar entre los Tailies y en la posterior misión de Rescatar a Walt.
Abrir la escotilla
Abrir la escotilla
Resultado:Semi-cumplida; Se logró abrir la escotilla pero no pudieron esconder a los supervivientes en ella.
Trasfondo:Los Otros se encontraban, supuestamente, de camino al campamento de los supervivientes. Y, con la dinamita recientemente descubierta y explotando la escotilla poer introducir a los supervivientes en ella que les podría servir como refugio.
Descubrimientos: La apertura de las escotilla fue destruida, en el interior de la misma se puede leer "cuarentena" "quarantine", Los Números estaban presentes en la escotilla, Desmond, Vídeo de orientación, la Iniciativa Dharma, y todo el equipamiento y utensilios que estaban dentro de El Cisne
Relación con la Historia de Lost: Esta misión se realizó al unísono que la misión de la balsa, la apertura de la escotilla sirvio como transición con la temporada anterior y para marcar los elementos predominates en la Temporada 2: Los Números, la Iniciativa Dharma, la armería, Los Otros, Fe vs. Ciencia, y las divergencias de intereses entre los supervivientes
Llevar a los Tailies al campamento sanos y salvos
Llevar a los Tailies al campamento sanos y salvos
Resultado:Semi-cumplida; La mayoría de los Tailies llegaron al Campamento satisfactoriamente, Sawyer llegó a tiempo de recibir atención médica por parte de Jack, y Bernard pudo encontrar, finalmente, a su esposa Rose. Sin embargo, Cindy fue capturada por los Otros y Shannon fue muerta por Ana-Lucia.
Trasfondo: Sawyer, Micheal y Jin se encuentran con los Tailies después de que estos fueran atacados en repetidas ocasiones por Los Otros. Sawyer esta muy malherido y su infección en el hombro hace que requiera de los cuidados urgentes de un médico. los tailies, mientras tanto, están muy cortos y necesitados de cualquier confort y equipo. Bernard está ilusionado con la idea de encontrar a su esposa Rose.
Descubrimientos: Sayid realmente enamorado de Shannon.
Relación con la Historia de Lost: los acontecimientos revelan la existencia de otros supervivientes y también algunas de las actividades e intenciones de Los Otros.
Relación con la Historia de Lost: Este fue el primer encuentro entre los supervivientes y Los Otros (Exceptuando el encuentro de la expedición de viaje en la balsa. la interrelación de algunos de los Losties con los Otros que serán preludio de las relaciones que se desatarán en la temporada 3. Kate hizo caso omiso de las advertencias de Jack, otro tema interesante.
Misión: Determinar si son ciertas los recuerdos de Claire durante su secuestro, las vacunas, y la misteriosa nueva escotilla. Danielle también buscará algunas respuestas acerca de su hija.
Descubrimientos: La estación El Bastón es descubierta, así como diversos objetos como la barba falsa.
Relación con la Historia de Lost: Esta se podría denominar como una misión de "Solo Chicas". Claire tiene algunos flashbacks, se confirma este episodio como clave para el devenir de la historia.
Trasfondo: "Henry Gale" intantará convencer a sus captores de sus buenas intenciones, él dibujó un mapa con la verdadera localización del globo.
Descubrimientos: El Globo; El prisionero que retienen en la armería no es Henry Gale; El autentico Henry Gale es el que está enterrado en la tumba y no su esposa. El auténtico Henry Gale llevaba en su billetera, su permiso de conducir (precisamente de Minnesota) y un billete de 20 dólares con una nota para su esposa.
Relación con la Historia de Lost: La identidad de Ben como miembro de Los Otros sale al fin a la luz. El recurrente tema de Charlie sobre su ineficacia en el manejo de las misiones "Encontrar la cabina" and "Conseguir una batería", continua.
Relación con la Historia de Lost: El regreso de Michael desencadenará una serie de acontecimientos que serán preludio de lo que acontecerá al principio de argumento de la Temporada 3 en la que algunos de los supervivientes serán cautivos de Los Otros
Capturando a "Henry"/búsqueda de la "?"
Capturando a "Henry"/búsqueda de la "?"
Resultado:Semi-cumplida; Locke y Eko no capturaron a "Henry", pero ellos localizaron la "?" y estación la Perla.
Relación con la Historia de Lost: Locke entrará en una crisis de fe en esta misión y será el detonante para la culminación de la Temporada 2 en el que se desata el hecho crucial de la destrucción de El Cisne.
Rescatar a Walt
Rescatar a Walt
Resultado:Half-accomplished; Walt logra salir de la isla pero Jack, Kate, y Sawyer son capturados por los Otros (Hurley también es capturado pero es puesto en libertad para transmitir un "mensaje" al resto de los supervivientes).
Misión: Rescatar a Walt. el equipo que lidera Jack deben de llegar al campamento de los Otros, mientras que Sayid intantará emboscarlos rodeando la isla desde el velero de Desmond.
Trasfondo:Michael, retorna de su misión (See: Persiguiendo a Michael), indicando que ha encontrado el campamento de los Otros. Michael intanta convencer a algunos de los supervivientes para que le acompañen en una tercera tentativa para rescatar a Walt. Sin embargo, Jack y Sayid sospechan que Michael está actuando condicionado por los Otros y que puede conducirlos a una trampa.
Relación con la Historia de Lost: esta misión sirve para marcar la transición de la Temporada 2 a la Temporada 3, iniciando una linea de episodios en la que algunos supervivientes se encontrarán en los dominios de Los Otros. la partida de cuatro líderes de las Misiones A (Jack, Kate, Sawyer, Sayid) así como la participación de Michael, Sun y Jin crea una nueva dinámica en los supervivientes, por lo que, a posteriori Locke asumirá mas responsabilidad, este capítulo servirá también para presentar a dos nuevos personajes Nikki y Paulo.